动机将组学数据分析与公共数据库整合对解析复杂生物学机制至关重要。然而，由于数据类型多样、结构复杂，整合过程往往繁琐耗时，不同格式与来源的数据难以实现统一协调。为此，本文提出基于查询的Python工具pyBiodatafuse，用于生物医学数据库整合。该工具构建模块化框架简化数据处理，支持构建上下文特异性知识图谱（KG）并开展图谱分析。t.abbassidaloii@amsterdamumc.nlyojanagadiya@gmail.com#生物医学数据整合#模块化查询#知识图谱#数据互操作性#Python工具#长新冠可用性源码https://github.com/BioDataFuse/pyBiodatafusePyPIhttps://pypi.org/project/pyBiodatafuse/网页https://biodatafuse.org/存档https://doi.org/10.5281/zenodo.18468942材料与方法设计架构与框架图1pyBiodatafuse架构及其与biodatafuseUI的关联展示pyBiodatafuse四大核心组件：数据协调器、数据注释器、图谱生成与可视化器、图谱分析器；组件间交互流程及与网页端界面的连接关系。数据注释器表1nbs